أجرى الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي، تعديلات على أحكام القانون المنظم لإنشاء مجلسي الأمن القومي والدفاع الوطني بإنشاء أمانة عامة لكل مجلس تحت إشراف الرئاسة المصرية.

 وأوضح القرار الصادر بمرسوم قانون الى إجراء تعديل في تشكيل مجلس الأمن القومي، حيث نص على أن  "تنشأ برئاسة الجمهورية أمانة عامة للمجلس برئاسة أمين عام وعدد كاف من الأعضاء، وتحدد اختصاصات الأمانة العامة ووظائفها وكيفية اختيار أعضائها ونظام العمل بها بقرار من رئيس الجمهورية. وتدرج الاعتمادات المالية الخاصة بالأمانة العامة فى فرع مستقل بموازنة رئاسة الجمهورية. ويصدر باختيار الأمين العام قرار من رئيس الجمهورية ويحدد القرار الدرجة الوظيفية والمعاملة المالية للأمين العام.

وفيما يتعلق بمجلس الدفاع الوطني، جاء في القرار "تنشأ برئاسة الجمهورية أمانة عامة للمجلس برئاسة أمين عام وعدد كاف من الأعضاء من ضباط القوات المسلحة أو غيرهم، وتحدد اختصاصاتها ووظائفها ونظام العمل بها بقرار من رئيس الجمهورية بناء على عرض وزير الدفاع. وتدرج الاعتمادات المالية الخاصة بالأمانة العامة فى فرع مستقل بموازنة رئاسة الجمهورية".

وتأسس مجلس الأمن القومي في يناير/كانون الثاني م العام 2014، بقرار من رئيس الجمهورية، على أن يعقد  مرة كل ثلاثة أشهر، وكلما دعت الضرورة ذلك، ويحدد في الدعوة مكان الانعقاد،  وفي حالة إعلان الحرب أو تعرض البلاد للكوارث أو الأزمات يعتبر المجلس منعقداً بصفة مستمرة، وتكون مداولات المجلس سرية، وتصدر قراراته بأغلبية أصوات الحاضرين، وعند التساوي يرجح الجانب الذي منه الرئيس.

ويضم المجلس في عضويته كلا من رئيس مجلس الوزراء، رئيس مجلس النواب، وزير الدفاع، وزير الداخلية ، وزير الخارجية، وزير المالية، وزير العدل، وزير الصحة، وزير الاتصالات، وزير التعليم، رئيس المخابرات العامة، رئيس لجنة الدفاع والأمن القومي بمجلس النواب.